Les collections thématiques constituent une base de référence à la disposition des amateurs et des professionnels :
Elles sont une source d’intérêt et d’émerveillement pour le simple visiteur, sous réserve d’une mise en valeur suffisamment didactique.
Elles sont pour les professionels une réserve où il suffit de puiser.
 
   
Plantes
Nombre de taxons
Cactées et succulentes 
3800
Plantes épiphytes 
2000
Rosiers 
1580
Flore armoricaine 
1400
Plantes vivaces 
900
Plantes tropicales utilitaires
725
Iris
667
Camellia 
1110
Magnolia
550
Dahlia
219
Rhododendrons   
130
Houx   
107
Canna
105
Chênes   
70
Bulbes 
68
 
Les autres collections
Poires, pommes... fruits moulés en plâtre
269
Herbiers du Jardin Botanique